微波杀菌方法是我们见到最常用的杀菌方法之一，除此之外，我们常见的杀菌方法还有有：巴氏杀菌，高温杀菌，超高温杀菌，红红外杀菌，紫外杀菌，高压杀菌，辐照杀菌等。
其中巴氏杀菌和高温杀菌是比较古老的杀菌方法，广泛应用于食品生产中，巴氏，高温，超高温等都是借助热力进行杀菌，所以需要有较高的温度，由于每种产品的传热性都不一样，靠热力杀菌时，导热性好的产品中心温度上升快，杀菌时间较短，杀菌后的产品口味变化不大，对于体积较大，传热性差的产品，杀菌时间长，富含香味的产品口味变化较大。
红外杀菌、紫外杀菌和微波杀菌原理同属于辐射杀菌，杀菌时，通过红外，紫外或微波进行辐射杀菌，由于红外和紫外的波长很短，几乎只能停留在物体的表面层，并且热效应又很少，所以红外和紫外只适合于产品的外表层杀菌。而微波波长有10厘米左右，只要产品的厚度不超过15厘米，由向馈入时，微波都能到达产品的中心，所以微波的杀菌是整体杀菌杀菌较红外，紫外更彻底。
说到辐射杀菌，常见的还有一种叫钴60的杀菌方法，但这种杀菌方法由于有辐射残留，所以已被欧盟等地区禁用。而微波杀菌优点之一就是没有残留，安全环保。
